공익법인의 세무와 회계

사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업은 사실상 국가 또는 사회전체가 해야 할 사업이므로 세법에서는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대한 특례규정을 마련하여 각종 과세대상에서제외하고 있다.

그러나 단순히 공익을 목적으로 하고 있으므로 이에 대한 세무,회계상의 관리는 그리 중요치 않은 것으로 받아들이는 경우가 있는데 이는 다분히 잘못된 사고로서 공익법인의 경우에는 보다 더 무겁고 가중한 세법상의 의무를 지우는 부분도 상당부분 있므며 사후관리 역시 보다 많은 노력을 요구한다.

세법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인중 상속세및증여세법시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말합니다.

법인세법상 비영리법인이란 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인, 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인, 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격 없는 단체로 반드시 사회일반의 이익을 목적으로 하지 않아도 되는 반면, 상증법상 공익법인은 불특정다수인의 이익 즉, 공익을 사업목적으로 하고 있습니다.

비영리법인과 공익법인의 구분

법인세법상 비영리법인이라 함은 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인, 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인, 법인격 없는 사단,재단 기타단체로서 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 말합니다.

민법 또는 공익법인의설립․운영에관한법률, 사립학교법 등은 비영리법인 또는 공익법인의 설립과 운영에 관한 사항을 규정하고 있는데 반하여 법인세법은 법인의 납세의무를 규정하고 있으므로 그 규정의 목적과 적용방법이 다를 수밖에 없습니다.

상속세및증여세법상 공익법인도 법인세법상 비영리법인에 해당되므로 법인세법에서 규정하는 수익사업에 대한 법인세와 토지 등 양도에 대한 법인세 납세의무가 있습니다.
 

공익법인은 법인세법 제3조와 같은법 시행령 제2조에 열거하는 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 제한적으로 법인세를 납부할 의무가 있으며, 청산소득에 대해서는 납세의무가 없습니다.

 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되며 이를 그림으로 나타내면 다음과 같습니다.

                        ＊특별부가세 : 법인의 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 법인세에 부가하여 과세하는 세금의 일종으로 2001.12.31 이전 양도분에 한합니다.

                        - 2002.1.1 이후 양도분부터는 지가급등지역의 토지 등과 특정주택의 양도차익에 대해서만 법인세로 과세됩니다.

    * 수익사업 중 사업소득(아래 ①)이 없는 공익법인의 토지 등 양도소득에 대하여는 법인세과세표준 신고를 하지 아니하고 소득세법상 양도소득과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있습니다.
 

  공익법인의 기타납세협력의무

1) 출연재산명세서 등의 제출의무 (상증법시행령 제41조)

재산을 출연받은 공익법인은 납세지관할 세무서장에게 출연재산명세서 등 법령에서 정한 관련서류를 사업연도 종료일부터 3월 이내에 제출하여야 합니다.

가. 제출서류

  ① 출연재산명세서 (별지 제23호 서식)
  ② 수입금액 및 자산보유현황(별지 제23호 서식 부표)
  ③ 출연재산 및 매각재산 사용계획서(별지 제24호 서식)
  ④ 출연재산 사용계획의 진도 및 완료보고서
  ⑤ 주식 또는 출자지분 보유명세서 (별지 제26호)
  ⑥ 이사 등 선임명세서(별지 제26호의 2서식)
  ⑦ 특정기업광고 등 명세서(별지 제26호의 3서식)
  ⑧ 출연재산을 3년이내에 출연목적에 사용하지 못하고 그 사용에 장기간을 요하여 주무부장관이 이를       인정하는 경우에는 그 관련서류
 

나. 제출기한

  ○ 사업연도 종료일부터 3월 이내

       ꁭ 상속세및증여세법시행령 제41조 제1항 제1호의 규정에 의한 “출연받은 재산의 명세”는 당해연도에 출연받은 재산에 대하여 작성하는 것임 (재삼 46014-1295, ’97.5.23)

      ꁭ 수년전에 재산을 출연하여 공익법인을 설립한 경우에도 출연재산 사용계획의 진도 및 완료보고서 및 각사업연도의 결산서를 당해 공익사업의 법률에 의한 결산보고일까지 세무서장에게 제출하여야 하는 것임    (재삼 46014-22, ’96.1.6)

다. 보고서 등 미제출 가산세 부과 (상증법 제78조 제3항)

  출연재산 명세서 등 보고서를 제출하지 아니하였거나 제출된 보고서에 출연재산․운용소득 및 매각재산 등의 명세를 누락 또는 잘못 기재하여 사실을 확인할 수 없는 경우에는 제출하지 아니하였거나 불분명한 금액에 상당하는 상속세액 또는 증여세액의 1%를 가산세로 과세 합니다.

2) 장부의 작성․비치 의무 (상증법 제51조)

공익법인은 사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내역 등에 대한 장부를 작성하여야 하며 장부 및 관계증빙서류를 과세연도 종료일부터 10년간 보존하여야 합니다.

가. 장부의 작성방법

  출연받은 재산의 보유 및 운용상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 복식부기 형식의 장부이어야 하며, 증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함되어야 합니다.

  다만, 이중으로 대차 평균하게 기록된 전표와 증빙서류 또는 계산서와 영수증에 의하여 재산의 보유 및 운용상태와 수입․지출의 변동내용을 빠짐없이 기록․보관하고 있는 경우에는 장부를 작성․비치하고 있는 것으로 봅니다.

  한편, 소득세법 제160조 및 법인세법 제112조 단서의 규정에 의하여 공익법인의 수익사업에 관하여 작성․비치된 장부와 증빙서류는 상속세및증여세법에 의한 장부를 작성․비치하고 있는 것으로 보며 장부와 증빙서류에는 마이크로필름․자기테이프․디스켓 기타 정보 보존장치를 포함합니다.

나. 장부의 작성․비치의무 불이행 가산세 (상증법 제78조 제5항)

  장부를 작성․비치하여야 할 공익법인이 그 장부의 작성․비치 의무를 불이행하였을 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가산세를 납부하여야 합니다.

       1) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감함.(2004.1.1 이후 상속세 또는 증여세를 결정하거나 경정하는 분부터 적용)

다. 가산세가 부과되지 않는 경우 (상증법시행령 제80조 제9항)
  다음의 공익법인은 상속세및증여세법상 장부의 작성․비치의무 불이행 가산세가 부과되지 않습니다.

        - 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액(부동산인 경우 상증법 제60조․제61조 및 제66조에 평가한 가액이 대차대조표상 가액보다 큰 경우에는 평가가액)의 합계액이 30억원 미만인 공익법인

       -출연자 및 그와 특수관계자와의 출연재산가액의 합계액이 총재산가액의 5%미만인 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인

       -국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분에 한함)

            ＊법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하는 공익법인은 법인세법상 장부의 비치․기장 의무는 있습니다.(법인세법 제112조 단서)
 

3)  외부전문가의 세무확인 및 보고의무(상증법 제50조)

공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위하여 자산총액 30억원(’99. 12. 31이전 50억원)이상인 공익법인은 2년마다 2년분의 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 3인이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 세무서장에게 제출토록 하였습니다.

가. 세무확인 대상 공익법인

 매 2년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 30억원 이상인 공익법인을 대상으로 합니다.  

      ꁭ 대차대조표상 총자산가액이란 고유목적사업과 수익사업 등에 사용되는 모든 자산가액을 말함     

         ＊’99.1.1이후 개시하는 사업연도분부터는 자산총액 판정시 부동산(토지․건물)은 상속세및증여세법 제60조․제61조․제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 대차대조표상의 가액 중 큰가액을 기준으로 판정합니다.

◇ 2005 사업연도 세무확인 대상 여부

나. 세무확인 대상에서 제외되는 공익법인

        - 대차대조표상 총자산가액(부동산인 경우 상증법 제60조․제61조 및 제66조에 평가한 가액이 대차대조표상 가액보다 큰 경우에는 평가가액)이 30억원 미만인 공익법인

       - 출연자 및 그와 특수관계자와의 출연재산가액의 합계액이 총재산가액의 5%미만인 불특정 다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인

        - 국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원의 회계 검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분에 한함)

다. 세무확인 기간

  매 2년마다 한 번씩 2년분에 대하여 세무확인을 받습니다. 즉, 2년이 되는 날이 속하는 사업연도의 종료일부터 2월 이내에 2년분에 대한 세무확인을 외부전문가로부터 받아야 합니다.

라. 보고 기한

  공익법인에 대한 세무확인을 한 외부전문가는 그 결과를 국세청장이 정하는 확인기준을 기재한 외부전문가의 세무확인서에 의하여 세무확인을 받은 당해 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 3월 이내에 당해 공익법인 등을 관할하는 세무서장에게 보고하여야 한다.

마. 외부전문가의 세무확인 보고 미이행 가산세(상증법 제78조 제5항)

  외부전문가 세무확인 대상 공익법인이 외부 전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니할 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가산세를 납부하여야 합니다.

       1) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감함.(2004.1.1 이후 상속세 또는 증여세를 결정하거나 경정하는 분부터 적용)

       ꁭ상속세및증여세법 제78조 제5항의 “당해 사업연도 출연받은 재산가액”은 공익법인 등의 설립일부터 세무확인을 받아야 할 사업연도 종료일까지 출연받은 총 재산가액을 말하는 것이며, 출연재산의 가액은 당해 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 가액에 의하되, 그 가액이 당초 출연 당시 상속세및증여세법상 평가액에 미달하는 경우에는 그 평가액에 의함.

       (재산상속 46014-19, ‘03.1.29)

       ꁭ외부전문가의 세무확인은 2년마다 과거 2년간의 사업연도에 대하여 받고 그 결과를 보고하여야 하므로  세무확인에 대한 보고의무 등의 불이행에 따른 가산세는 2개 사업연도 각각에 대하여 적용함.  

바. 외부전문가(3인이상)

  외부전문가는 변호사․공인회계사․세무사를 말하며, 세무확인을 받는 공익법인으로부터 업무수행상 독립되어야 하므로 외부전문가가 다음에 해당하는 경우에는 선임할 수 없습니다.

사. 세무확인할 사항

  외부전문가는 공익법인이 출연받은 재산을 적정하게 공익목적사업에 운용하고 있는지의 여부 등을 확인하여야 하는데 주요 확인사항은 다음과 같습니다.

① 출연재산 및 그 운용에 관한 사항
  - 출연재산의 3년내 공익목적사용여부 및 사용내역의 적정 여부
  - 주식을 출연받거나 취득하는 경우 주식보유기준 초과 여부
  -수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산의 운용소득 중 기준금액이상을 직접 공익목적
    사업에 사용하였는지 여부
  - 출연재산 매각대금을 기준금액이상 공익사업에 사용하였는지 여부
  - 공익사업 수혜자의 적정 여부

② 자기내부거래에 관한 사항

       -출연재산을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 무상 또는 낮은 가액으로 사용․수익하게 하였는지 여부

③ 기타 공익법인 등의 운영에 관한 사항
  - 이사 중 특수관계인의 기준 초과 여부 및 특수관계인의 임직원 채용여부
  - 특정법인에 대한 광고․홍보 여부
  - 장부의 작성․비치의무 준수 여부
  - 각종 보고서의 제출 여부
  - 기타 공익법인의 운영 등과 관련하여 공익목적에 부합되지 않는 사업 또는 행위에 대한 조치사항

④ 세무확인 보고에 관한 사항

  - 공익법인세무확인규정 별지 제1호 내지 제3호(별첨)

4)  계산서합계표 등 자료제출의무

가. 개  요

  세무행정이 선진세정으로 나아가기 위해서는 과세자료가 제대로 수집․활용되어야 합니다. 과세자료는 거래 상대방의 세원을 포착하여 과세의 근거가 되게 하는 자료이며 과세자료제출의무는 국가․지방자치단체를 포함한 모든 납세의무자가 부담하고 있는 협력의 의무입니다.

  수익사업이 없는 비영리․공익법인의 경우에도 과세자료제출의 납세협력의무가 있으므로 수취한 과세자료를 과세당국에 제출하여야 합니다.

  그러나 일부 비영리․공익법인이 이를 간과하여 수취한 과세자료를 제출하지 않아 효율적인 세원관리에 어려움이 많은 것이 현실입니다.

나. 세금계산서합계표 제출 (부가가치세법 제20조 제4항)

  세금계산서를 교부받은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합과 아래의 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료 후 25일 이내(1.1～6.30 ⇨ 7.25, 7.1～12.31 ⇨ 다음 해 1.25)에 사업장관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.

        - 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자(조세특례제한법에 의하여 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함한다)
 - 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인
 - 특별법에 의하여 설립된 법인
 - 각급학교 기성회ㆍ후원회 또는 이와 유사한 단체

다. 계산서합계표 제출 (법인세법 제121조 제5항)

  부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받아 교부하거나 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별계산서합계표는 매년 1월31까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 합니다.

라. 미제출시 가산세부과 (법인세법 제76조 제9항, 부가가치세법 제22조 제3항)

  수익사업을 영위하는 공익법인이 동 사업과 관련하여 교부하거나 교부받은 세금계산서합계표(계산서합계표)를 제출하지 아니한 경우 공급가액의 2% (계산서는 1%)를 부가가치세(법인세)로 징수합니다.

＊ 2004.1.1 이후 개시하는 과세연도 분부터는 공급가액의 1%

1) 고유목적사업준비금의 손금산입

공익법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금을 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정한 범위안에서 소득금액 계산상 손금에 산입합니다.

 * 손금산입 한도    이자소득금액 등×100%
                           기타의 수익사업에서 발생한 소득×50%  

       ☞ 법인세법상 고유목적사업준비금은 결산조정사항이나 외부회계감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우 2001.1.1이후 사업연도의 세무조정계산서에 계상하는 분부터 잉여금처분에 의한 신고 조정이 가능함(법인세법§61①)

       ☞ 조세특례제한법상 고유목적사업준비금은 종전부터 신고조정이 가능함

(1)고유목적사업이란 (법인세법시행령제56조 제5항)

  법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업외의 사업을 말합니다.

(2)고유목적사업준비금설정대상소득 (법인세법 제29조 제1항)

  ① 전액(100%) 손금산입 대상소득

   - 이자소득금액 (소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호)
   - 투자신탁수익의 분배금 (소득세법 제17조 제1항 제5호)
   - 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 회원 및 조합원에게
     대출한 융자금에서 발생한 이자금액
  -  조세특례제한법 제74조 제1항에 규정하는 법인의 수익사업 소득금액
  - 조세특례제한법 제74조 제3항에 규정하는 법인의 주식양도소득

         ②80% 손금산입 대상소득(조세특례제한법 제74조 제2항, 법인세법 제29조 제1항)

            - 농협중앙회․수협중앙회․산림조합중앙회의 수익사업에서 발생한 소득에서 법인세법시행령 제18조 제1항의 규정에 의한 이월결손금을 차감한 금액

            - 공익법인의설립․운영에관한법률에 의하여 설립된 공익법인으로서 고유목적사업비 지출액의 50%이상을 장학금으로 지출하는 장학재단의 위 ① 이외의 수익사업에서 발생한 소득금액(2005.1.1 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용)

 ③ 50% 손금산입 대상소득 (법인세법시행령 제56조 제3항)
  - 위 “①”이외의 수익사업에서 발생한 소득금액
＊ 고유목적사업준비금 및 법인세법 제24조 제2항의 국가 등에 지출한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 위 “①”의 금액 및 같은법 제13조 제1호의 이월결손금과 제24조 제2항의 국가 등에 지출한 기부금을 차감한 금액

             2) 고유목적사업준비금의 사후관리

           * 고유목적사업준비금의 사용(법인세법 제29조 제2항)

         손금에 산입한 사업연도 이후 5년 이내에 설립목적을 직접 수행하는 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하여야 합니다.

          * 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 금액 (법인세법시행령제56조 제6항)

           - 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

           - 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 포함)으로서 건강보험ㆍ 연금관리 및 공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

           - 사립학교법에 의한 학교법인 등이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 금액도 고유목적사업에 사용한 것으로 인정함(법인세법 시행규칙 제76조 제4항)

           - 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

    ＊ 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산
    ․병원 건물 및 부속토지
   ㆍ 초음파영상기ㆍ자기공명영상기ㆍ양전자단층촬영기

                  ☞ 이 규정을 적용 받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 의료발전회계로 구분경리 하여야 함

                  (의료발전회계란 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말함)(2001.1.1이후 최초로 개시하는 사업연도부터 적용)

           - 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 신고조정하여 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액

           -농업협동조합중앙회․수산업협동조합중앙회가 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액(2003.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용)

           -신용협동조합중앙회가신용협동조합예금자보호기금에,새마을금고연합회가 예금자보호준비금에,산립조합중앙회가상호금융예금자보호기금에출연하는 금액(2003.12.30이 속하는 사업연도 분부터 적용)

 * 고유목적사업준비금 잔액의 익금산입 (법인세법 제29조 제3항)

      다음의 사유가 발생하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 준비금잔액을 익금에 산입하여야 하며, 3호의 경우 익금산입시 이자상당액을 법인세에 가산하여 납부하여야 합니다.

◇ 이자상당가산액 ＝

       ☞ 종전에는 1일 4/10,000의 가산율을 적용하던 것을 2003.1.1이후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터는 1일 3/10,000으로 가산율이 인하되었습니다.

·시설현황·인건비 등 중요 경비지출액 신고 : 다음년도 1. 31